Taille des sorties / utilisation du disque dans un serveur, particulièrement en -y all
Beaucoup d'issues ces derniers temps sur la taille des sorties et l'occupation du disque en -y all.
Issue ici pour faire le point, que ce soit sur les choses déjà faites ou les choses possibles.
Sur un lancement de vidjil-algo, indépendament de tout server :
- --no-windows, --no-airr, --no-windows #3861 (closed)
- clone.fa #4386 (closed)
- .vdj.fa #4387 (closed) (et #3795 (closed))
- .vidjil allégé #4036 (#4334 (closed), #4343)
- .vidjil.gz #4253 (closed)
Sur interaction avec server-database / server-hosting :
- vijdil.gz #2015 (après #4254 (closed))
- supprimer .vidjil après insertion dans db #4388 (closed)
- nettoyer régulièrement
/tmp/vdj#1083.
Documenter également cela:
- pour vidjil-algo, 1 sample
- pour "server requirements"
Avec 2020.06, sur -g germline/homo-sapiens.g -r 1 -y all (pas fait -3 ou autre, mais cela devrait être négligeable)
Autres colonnes/lignes bienvenues.
| S22 | L3.0 | lil #4386 (closed) | |
|---|---|---|---|
| .fasta.gz | 405 KB | -- | |
| .fastq.gz | -- | 308 MB | |
| .vidjil | 16 MB | 180 MB | |
| .tsv | 3.3 MB | 30 MB | |
| .vdj.fa | 3.5 MB | 56 MB | |
| .windows.fa | 726 KB | 7.1 MB | |
| seq/* | 43 MB | 415 MB | 15.1 GB |
| total | 66 MB | 687 MB | 27.3 GB |
| ---- | ------ | ------ | |
| .vidjil.gz | 980 K | 15 MB |
Et .edges et .log sont négligeables.
(au passage, --gz et gzip du fichier .vidjil donnent en gros la même taille... mais pas exactement le même fichier)
To upload designs, you'll need to enable LFS and have an admin enable hashed storage. More information