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  • #4419
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Created Jul 28, 2020 by Mathieu Giraud@magiraudOwner

Taille des sorties / utilisation du disque dans un serveur, particulièrement en -y all

Beaucoup d'issues ces derniers temps sur la taille des sorties et l'occupation du disque en -y all. Issue ici pour faire le point, que ce soit sur les choses déjà faites ou les choses possibles.

cc @flothoni @mikael-s

Sur un lancement de vidjil-algo, indépendament de tout server :

  • --no-windows, --no-airr, --no-windows #3861 (closed)
  • clone.fa #4386 (closed)
  • .vdj.fa #4387 (closed) (et #3795 (closed))
  • .vidjil allégé #4036 (#4334 (closed), #4343)
  • .vidjil.gz #4253 (closed)

Sur interaction avec server-database / server-hosting :

  • vijdil.gz #2015 (après #4254 (closed))
  • supprimer .vidjil après insertion dans db #4388 (closed)
  • nettoyer régulièrement /tmp/ vdj#1083.

Documenter également cela:

  • pour vidjil-algo, 1 sample
  • pour "server requirements"

Avec 2020.06, sur -g germline/homo-sapiens.g -r 1 -y all (pas fait -3 ou autre, mais cela devrait être négligeable) Autres colonnes/lignes bienvenues.

S22 L3.0 lil #4386 (closed)
.fasta.gz 405 KB --
.fastq.gz -- 308 MB
.vidjil 16 MB 180 MB
.tsv 3.3 MB 30 MB
.vdj.fa 3.5 MB 56 MB
.windows.fa 726 KB 7.1 MB
seq/* 43 MB 415 MB 15.1 GB
total 66 MB 687 MB 27.3 GB
---- ------ ------
.vidjil.gz 980 K 15 MB

Et .edges et .log sont négligeables.

(au passage, --gz et gzip du fichier .vidjil donnent en gros la même taille... mais pas exactement le même fichier)

Edited Jul 28, 2020 by Mathieu Giraud
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