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Mise à jour terminée. Pour connaître les apports de la version 13.8.4 par rapport à notre ancienne version vous pouvez lire les "Release Notes" suivantes :
https://about.gitlab.com/releases/2021/02/11/security-release-gitlab-13-8-4-released/
https://about.gitlab.com/releases/2021/02/05/gitlab-13-8-3-released/

  • vidjil
  • vidjilvidjil
  • Issues
  • #4036

Closed
Open
Opened Nov 06, 2019 by Mathieu Giraud@magiraudOwner

Taille des .vidjil en -y all

vdj#921

Sur LIL-L3-1 :

  • .fastq.gz 330M
  • .vidjil habituel, -z 100, 51M
  • .vidjil -y all, 395M
  • .vidjil après server-fuse, 200k

Pour 1 clone en -y all sans -z, il y a... 1.9 ko dans le .vidjil ! En plus de sequence, on a quality, affectSigns, affectValues... Beaucoup pour quelque chose qui va juste être un +1 dans une distribution...

  • Calculer certaines distributions dans cpp ? Faisable, mais pas très générique, et demande ensuite des changements dans server-fuse pour lire les distributions
  • Limiter au maximum ces sorties (voir aussi #3911 (closed)) ? Par exemple, au-delà du -z, ne mettre que l'id et la sequence. Relativement simple, devrait réduire déjà la taille d'un facteur 3-4.
  • Ne rien faire, tant pis pour la place, de toute façon cela se compresse bien ?
  • Ne rien faire, car de toute façon le but est un jour de faire -z all, et on aura encore plus de choses ? (voire AIRR pour tout ?)
 {
      "_average_read_length": [
        377.0
      ],
      "_coverage": [
        1.0
      ],
      "_coverage_info": [
        "377 bp (100% of 377.0 bp)"
      ],
      "germline": "IGH",
      "id": "AAAAAGTGGGAACTACTTCGGGCGGCGCCCCACCTAGGCTACTGGGGGCC",
      "reads": [
        1
      ],
      "seg": {
        "affectSigns": {
          "seq": "+++++++      +      +++++++++++++++++++++++++++++++++++++   +  +   ++++++++++++++ +++      +    +++++++++++++++++++++++         + ++++                +      ++      +                 +      +++++++++++++++++++++++      +      ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++                                                                 +++++++++++++++             ",
          "start": 1,
          "stop": 377
        },


        "affectValues": {
          "seq": "HHHHHHH______H______HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH___H__H___HHHHHHHHHHHHHH?HHH______H____HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH_________H?HHHH________________H______HH______H_________________H______HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH______H______HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH_________________________________________________________________hhhhhhhhhhhhhhh_____________",
          "start": 1,
          "stop": 377
        },
        "evalue": {
          "val": "2.012178e-46"
        },
        "evalue_left": {
          "val": "0.000000e+00"
        },
        "evalue_right": {
          "val": "2.012178e-46"
        },
        "quality": {
          "seq": "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!::::*:999+85883446878/--'-----'334933-36;665999+95!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!",
          "start": 1,
          "stop": 377
        }
      },

cc @flothoni @duez

Edited Feb 02, 2021 by Mathieu Giraud
To upload designs, you'll need to enable LFS and have an admin enable hashed storage. More information
Assignee
Assign to
Algo 2021.03
Milestone
Algo 2021.03
Assign milestone
Time tracking
None
Due date
None
Reference: vidjil/vidjil#4036