GitLab

vdj#921

Sur LIL-L3-1 :

• .fastq.gz 330M
• .vidjil habituel, -z 100, 51M
• .vidjil -y all, 395M
• .vidjil après server-fuse, 200k

Pour 1 clone en -y all sans -z, il y a... 1.9 ko dans le .vidjil ! En plus de sequence, on a quality, affectSigns, affectValues... Beaucoup pour quelque chose qui va juste être un +1 dans une distribution...

• Calculer certaines distributions dans cpp ? Faisable, mais pas très générique, et demande ensuite des changements dans server-fuse pour lire les distributions
• Limiter au maximum ces sorties (voir aussi #3911 (closed)) ? Par exemple, au-delà du -z, ne mettre que l'id et la sequence. Relativement simple, devrait réduire déjà la taille d'un facteur 3-4.
• Ne rien faire, tant pis pour la place, de toute façon cela se compresse bien ?
• Ne rien faire, car de toute façon le but est un jour de faire -z all, et on aura encore plus de choses ? (voire AIRR pour tout ?)

 {
      "_average_read_length": [
        377.0
      ],
      "_coverage": [
        1.0
      ],
      "_coverage_info": [
        "377 bp (100% of 377.0 bp)"
      ],
      "germline": "IGH",
      "id": "AAAAAGTGGGAACTACTTCGGGCGGCGCCCCACCTAGGCTACTGGGGGCC",
      "reads": [
        1
      ],
      "seg": {
        "affectSigns": {
          "seq": "+++++++      +      +++++++++++++++++++++++++++++++++++++   +  +   ++++++++++++++ +++      +    +++++++++++++++++++++++         + ++++                +      ++      +                 +      +++++++++++++++++++++++      +      ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++                                                                 +++++++++++++++             ",
          "start": 1,
          "stop": 377
        },


        "affectValues": {
          "seq": "HHHHHHH______H______HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH___H__H___HHHHHHHHHHHHHH?HHH______H____HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH_________H?HHHH________________H______HH______H_________________H______HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH______H______HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH_________________________________________________________________hhhhhhhhhhhhhhh_____________",
          "start": 1,
          "stop": 377
        },
        "evalue": {
          "val": "2.012178e-46"
        },
        "evalue_left": {
          "val": "0.000000e+00"
        },
        "evalue_right": {
          "val": "2.012178e-46"
        },
        "quality": {
          "seq": "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!::::*:999+85883446878/--'-----'334933-36;665999+95!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!",
          "start": 1,
          "stop": 377
        }
      },

cc @flothoni @duez