Taille des .vidjil en -y all
vdj#921
Sur LIL-L3-1 :
- .fastq.gz 330M
- .vidjil habituel,
-z 100
, 51M - .vidjil
-y all
, 395M - .vidjil après server-fuse, 200k
Pour 1 clone en -y all
sans -z
, il y a... 1.9 ko
dans le .vidjil
! En plus de sequence
, on a quality
, affectSigns
, affectValues
... Beaucoup pour quelque chose qui va juste être un +1 dans une distribution...
- Calculer certaines distributions dans cpp ? Faisable, mais pas très générique, et demande ensuite des changements dans server-fuse pour lire les distributions
- Limiter au maximum ces sorties (voir aussi #3911 (closed)) ? Par exemple, au-delà du
-z
, ne mettre que l'id
et lasequence
. Relativement simple, devrait réduire déjà la taille d'un facteur 3-4. - Ne rien faire, tant pis pour la place, de toute façon cela se compresse bien ?
- Ne rien faire, car de toute façon le but est un jour de faire
-z all
, et on aura encore plus de choses ? (voire AIRR pour tout ?)
{
"_average_read_length": [
377.0
],
"_coverage": [
1.0
],
"_coverage_info": [
"377 bp (100% of 377.0 bp)"
],
"germline": "IGH",
"id": "AAAAAGTGGGAACTACTTCGGGCGGCGCCCCACCTAGGCTACTGGGGGCC",
"reads": [
1
],
"seg": {
"affectSigns": {
"seq": "+++++++ + +++++++++++++++++++++++++++++++++++++ + + ++++++++++++++ +++ + +++++++++++++++++++++++ + ++++ + ++ + + +++++++++++++++++++++++ + ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ +++++++++++++++ ",
"start": 1,
"stop": 377
},
"affectValues": {
"seq": "HHHHHHH______H______HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH___H__H___HHHHHHHHHHHHHH?HHH______H____HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH_________H?HHHH________________H______HH______H_________________H______HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH______H______HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH_________________________________________________________________hhhhhhhhhhhhhhh_____________",
"start": 1,
"stop": 377
},
"evalue": {
"val": "2.012178e-46"
},
"evalue_left": {
"val": "0.000000e+00"
},
"evalue_right": {
"val": "2.012178e-46"
},
"quality": {
"seq": "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!::::*:999+85883446878/--'-----'334933-36;665999+95!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!",
"start": 1,
"stop": 377
}
},