Pouvoir filtrer les reads VDJ depuis l'algo (cas fichier RNA)
Un utilisateur à des fichiers de capture trop gros pour les faire passer par son réseau apparemment.
Il demande comment mettre en place un filtre pour réduire la taille du fichier en ne conservant que les reads contenant des vdj.
Je pense lui faire la promotion de l'option --out-reads
et scripter quelque chose pour concaténer ça au sein d'un nouveau fichier. Problème, les export de clone sont mix fasta/fastq avec un rappel du clone en amont.
Avoir une option permettant de le faire directement serait extrêmement plus pratique.
Cette option permet aussi de gagner du temps sur l'alignement qui devient dans ce cas non nécessaire.
Il y a aussi l'issue #1515 mais ça nécessite de passer par un outil différents