SortMeVDJ : extraction/tri de reads suivant les locus
Commande -c sort pour trier les reads, même non segmentés, suivant les différents locus. Est-ce que ce serait utile ? Peut-être avec des seuils (IGH pour ceux qui ont significativement plus de k-mers IGH que d'autres).
Ou utiliser tout simplement SortMeRNA ?
Et le filtre capture comme le filtre IMGT ne sont pas si loins...
FS a battu cette nuit un record : 1.97 GB, 22 M reads, pour... 3 reads segmentées http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=606&config=2
(lien avec place sur le serveur, virer tout sauf les séquences qui ont un peu de k-mers VDJ)
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