override_rep5_rep3 ne devrait pas changer temporairement un objet

Vu avec @mikael-s

override était un hack pour xxx, mais si cela devient la méthode principale !410, il faut revoir les objets. On devrait pouvoir renvoyer une germline #3584 sans cela.

Appelé uniquement au début de FineSegmenter, à remplacer par un get_germline_from_labels, et ensuite on utilise ce Germline pour le reste du FineSegmenter