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Mise à jour terminée. Pour connaître les apports de la version 13.8.4 par rapport à notre ancienne version vous pouvez lire les "Release Notes" suivantes :
https://about.gitlab.com/releases/2021/02/11/security-release-gitlab-13-8-4-released/
https://about.gitlab.com/releases/2021/02/05/gitlab-13-8-3-released/

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  • Issues
  • #3584

Closed
Open
Opened Oct 23, 2018 by Mikaël Salson@mikael-sOwner

Germline unexpected : comment remonter à la bonne germline ?

La fonction Germline::override_rep5_rep3_from_labels permet normalement de faire cela. Elle est utilisée lorsqu'on est en unexpected afin d'aligner la séquence contre les bons répertoires.

Les répertoires corrects sont trouvés grâce aux KmerAffect. Mais… ces KmerAffect sont les mêmes pour un germline complet et incomplet (le shortcut est par exemple H en complet et h en incomplet) :

  affect_5 = string(1, toupper(shortcut)) + "-" + code + "V";
  affect_4 = string(1, 14 + shortcut) + "-" + code + "D";
  affect_3 = string(1, tolower(shortcut)) + "-" + code + "J";

On pourrait se dire que ce n'est pas grave et qu'on va mettre des KmerAffect différents pour les germlines complets et incomplets… sauf que non. Si on fait cela la partie commune des germlines complets et incomplets (souvent les gènes J) seraient considérés comme ambigus car appartenant à des germlines différents.

To upload designs, you'll need to enable LFS and have an admin enable hashed storage. More information
Assignee
Assign to
Heuristique 2.0
Milestone
Heuristique 2.0
Assign milestone
Time tracking
None
Due date
None
Reference: vidjil/vidjil#3584