Décaler automatiquement voire raccourcir la window quand il n'y a pas assez de place
(Rendu compte lors de la minimisation #2643 (closed), mais s'applique aussi au cas général.)
N'est-il pas dommage que des séquences dont le point de jonction a été trouvé finissent en TOO_SHORT_FOR_WINDOW
? Dans ces cas-là, pourrait-on, au moment du getJunction()
, accepter de décaler un peu la fenêtre jusqu'au bord gauche/droit, voire la raccourcir ?
Ces reads ne serait pas groupées avec les autres... mais a priori ce serait peu problable de les mettre avec d'autres reads non liées, car toutes les fenêtres ainsi décalées viendraient de reads toutes trop courtes de la même façon.
Voir #1580 (closed) pour d'autres raisons de décalage.