SEG_METHOD_ONE: mettre un minimizer pour extraire une fenêtre normalisée
Actuellement, quand SEG_METHOD_ONE
réussit, on extrait la fenêtre au milieu, bref cela ne clustérise pas si des reads sont légèrement décalées. Une solution serait d'extraire la fenêtre par minimisation.
- minimisation sur toutes les fenêtres possibles ?
- ou bien uniquement sur les k-mers détectés ?
On peut (ou pas) restreindre cela à des positions plutôt centrales pour éviter que la fenêtre ne soit trop au bord... mais est-ce que cela gène vraiment ? Pour les recombinaisons on peut tout à fait avoir une fenêtre au bord.