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Seuil pour les D, e-valeur
VW16: deux écoles.
- 4nt (Hélène PAR-Debré ), pour éviter de faire un primer qui tombe dedans
- 8nt (c'est bien cela ?), (Frédéric Paris-Pitié , "vieux papiers")
Et nous, on a dit "euh, 5nt". Sommes-nous confiant dans notre calcul de e-valeur pour les D ?
Oui c'est bien cela. Le seuil de 8nt correspond à un seuil immuno pour avoir un D qui ait du sens.
segment.cpp, FineSegmenter::FineSegmentD
float evalue_D = multiplier * (r-l) * germline->rep_4.totalSize() * segment_cost.toPValue(box_DD->score[0].first);
Ouf, (r-l) est bien la taille de la zone considérée.
Calcul à priori correct... sauf qu'il dépend de .toPValue, donc de K et lambda qui sont fixés à la légère (mais qui ne devraient pas changer l'ordre de grandeur)
Depuis 2016.08, on peut jouer avec -E.
Avec e6ffb915, on a perdu 6 séquences de .should-vdj VDDJ.
Retravailler là-dessus, voir s'il faut des seuils différents pour premier D et D suivants, peut-être retravailler sur le score et/ou K/lambda.
ping, voir "Configuration trop stringeante sur la recherche du D" #2002