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Mise à jour terminée. Pour connaître les apports de la version 13.10.3 par rapport à notre ancienne version vous pouvez lire les "Release Notes" suivantes :
https://about.gitlab.com/releases/2021/03/22/gitlab-13-10-released/
https://about.gitlab.com/releases/2021/03/31/security-release-gitlab-13-10-1-released/
https://about.gitlab.com/releases/2021/04/01/gitlab-13-10-2-released/
https://about.gitlab.com/releases/2021/04/14/security-release-gitlab-13-10-3-released/

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  • #2002

Closed
Open
Created Nov 29, 2016 by Vidjil Team@vidjilteamMaintainer

Configuration trop stringeante sur la recherche du D

Exemple : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=3837&config=2 On prend le gros clone et les petits clones autour. La moitié a un D trouvé, pas l'autre moitié. Le D fait 22bp il n'est pas trouvé dès qu'il y a une erreur/mutation.


Alors il y a bien un problème mais il n'a rien à voir. Voir « Le résultat de la segmentation change selon le contexte » #2003


Notons que toutes les séquences ici ont normalement le même "multiplier" de E-value (nb de clones analysés).

... et effectivement, il y a bien un problème (de calcul de p-valeur) : cela semble gros qu'une seule mutation sur 22pb fasse tout louper.


Surtout qu'il y a une séquence avec une mutation dans le D, où le D est bien trouvé...


Seuil de e-valeur pour le D : .05 J'imagine qu'il y a une raison pour cette faible valeur, mais les D sont courts et atteindre de très faibles e-valeur est compliqué (à l'inverse de ce qu'on a avec le kmer segmenteur). Pourquoi le seuil est-il à 0,05 ?


@magiraud @mikael-s

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