Filtrage de BioReader sans re-réserver de la mémoire
Échange par mail, @magiraud, à propose de #3080 (closed) :
Actuellement on a pas de moyen d’accéder à une séquence quelconque d’un BioReader.
- effectivement #3080 (closed) est possible (comme méthode de
BioReader
?). J’ai l’impression qu’elle va recréer un autreBioReader
en O(répertoire filtré) avec réservation mémoire et écritures, c’est un peu bourrin… on pourrait certes dire que c’est peu comparé au O(répertoire filtré x taille read) dealign_against_collection
(qui réserve aussi de la mémoire au passage).- y aurait-il sinon une manière de le faire avec une méthode d’un
BioReader
qui, à partir d’une liste d’identifiant, itère et renvoie les séquences ? Même si c’est en O(répertoire initial) au début, il pourrait y avoir ensuite des changements dansBioReader
qui fait cela en O(répertoire filtré)
Oui ça serait possible mais pas sûr que cela change grand chose : l'utilisation mémoire restera négligeable par rapport à celle de la programmation dynamique.
Bref on fait #3080 (closed) comme prévu, pas de soucis pour cela.