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  • #3080

Closed
Open
Opened Mar 09, 2018 by Mikaël Salson@mikael-sOwner

Faire une fonction qui filtre un BioReader en fonction d'une séquence

Pour #920 (closed) on a besoin de ne lancer le FineSegmenter que sur un sous-ensemble du répertoire.

Cela sera fait en passant un BioReader restreint aux gènes d'intérêt à la fonction align_against_collections. Il faut donc faire une fonction chargée de créer ce BioReader restreint. Elle prendra deux paramètres (au moins ?) :

  1. le BioReader d'origine
  2. la séquence utilisée comme filtre (les k-mers de cette séquence sont utilisés pour déterminer les gènes d'intérêt)

(Cyprien : pour garder l'info tu peux mettre ce numéro d'issue dans tes messages de commit, à la fin de la description. Par exemple « See #3080 (closed) »)

To upload designs, you'll need to enable LFS and have admin enable hashed storage. More information
Assignee
Assign to
None
Milestone
None
Assign milestone
Time tracking
None
Due date
None
Reference: vidjil/vidjil#3080