Documenter germline/homo-sapiens.g et les méthodes de recombinaison
En faisant !75 (merged)/!76 (merged), je me rends compte que ni doc/vidjil-algo.md
, ni doc/locus.md
ne détaillent la syntaxe de homo-sapiens.g
.
Derrière les questions de syntaxe, il y a aussi les questions de méthodes de recombinaison... qui ne sont tout simplement pas expliquées. Même si on peut renvoyer aux papiers, la doc doit fournir quelques éléments d'explications.
- la différence entre
53
et543
peut sembler triviale, mais autant le dire. -
MAX12
est évoquées cryptiquement dansvidjil-algo.md
, c'est un peu mieux danslocus.md
... alprs que c'est une option quasi "par défaut" -
MAX1U
n'est pas évoqué (mais pas utilisé / à retester ?) - et la nouvelle ONE #1724 (closed) (et d'ailleurs, trouver mieux que 31581d71 ?)
====
From duplicate #4012 (closed):
vidjil-algo is able to handle different germlines, either from IMGT/GENE-DB, or for other sources. Beyond the -V /
-D/
-Joptions, the
.g` file is very flexible. However (Zhang, 2019) reports that "more effort should be made to manage customization" vdj#919.
We should ensure that this is properly documented. What is the syntax of the .g
file, and what are the recommended steps for anyone wishing to better use a custom germline ?