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Mise à jour terminée. Pour connaître les apports de la version 13.8.4 par rapport à notre ancienne version vous pouvez lire les "Release Notes" suivantes :
https://about.gitlab.com/releases/2021/02/11/security-release-gitlab-13-8-4-released/
https://about.gitlab.com/releases/2021/02/05/gitlab-13-8-3-released/

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  • #2920

Closed
Open
Opened Nov 30, 2017 by Mathieu Giraud@magiraudOwner

Documenter germline/homo-sapiens.g et les méthodes de recombinaison

En faisant !75 (merged)/!76 (merged), je me rends compte que ni doc/vidjil-algo.md, ni doc/locus.md ne détaillent la syntaxe de homo-sapiens.g.

Derrière les questions de syntaxe, il y a aussi les questions de méthodes de recombinaison... qui ne sont tout simplement pas expliquées. Même si on peut renvoyer aux papiers, la doc doit fournir quelques éléments d'explications.

  • la différence entre 53 et 543 peut sembler triviale, mais autant le dire.
  • MAX12 est évoquées cryptiquement dans vidjil-algo.md, c'est un peu mieux dans locus.md... alprs que c'est une option quasi "par défaut"
  • MAX1U n'est pas évoqué (mais pas utilisé / à retester ?)
  • et la nouvelle ONE #1724 (et d'ailleurs, trouver mieux que 31581d71 ?)

====

From duplicate #4012 (closed):

vidjil-algo is able to handle different germlines, either from IMGT/GENE-DB, or for other sources. Beyond the -V / -D/-Joptions, the.g` file is very flexible. However (Zhang, 2019) reports that "more effort should be made to manage customization" vdj#919.

We should ensure that this is properly documented. What is the syntax of the .g file, and what are the recommended steps for anyone wishing to better use a custom germline ?

Edited Aug 27, 2020 by Mathieu Giraud
To upload designs, you'll need to enable LFS and have an admin enable hashed storage. More information
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None
Milestone
None
Assign milestone
Time tracking
None
Due date
None
Reference: vidjil/vidjil#2920