GitLab

En faisant !75 (merged)/!76 (merged), je me rends compte que ni doc/vidjil-algo.md, ni doc/locus.md ne détaillent la syntaxe de homo-sapiens.g.

Derrière les questions de syntaxe, il y a aussi les questions de méthodes de recombinaison... qui ne sont tout simplement pas expliquées. Même si on peut renvoyer aux papiers, la doc doit fournir quelques éléments d'explications.

• la différence entre 53 et 543 peut sembler triviale, mais autant le dire.
• MAX12 est évoquées cryptiquement dans vidjil-algo.md, c'est un peu mieux dans locus.md... alprs que c'est une option quasi "par défaut"
• MAX1U n'est pas évoqué (mais pas utilisé / à retester ?)
• et la nouvelle ONE #1724 (et d'ailleurs, trouver mieux que 31581d71 ?)

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From duplicate #4012 (closed):

vidjil-algo is able to handle different germlines, either from IMGT/GENE-DB, or for other sources. Beyond the -V / -D/-Joptions, the.g` file is very flexible. However (Zhang, 2019) reports that "more effort should be made to manage customization" vdj#919.

We should ensure that this is properly documented. What is the syntax of the .g file, and what are the recommended steps for anyone wishing to better use a custom germline ?