Issues · vidjil / vidjil

New issue

Évaluer la reproductibilité des pipelines

#4592 · created Dec 02, 2020 by Mathieu Giraud Tests-Dev-2021-05 Feb 9, 2021 !-important dev-gitlab dev-policy dev-tests
- 14
updated May 19, 2021
Erreurs Javascript sur le scatterplot : Cannot set property 's' of undefined

#4671 · created Feb 02, 2021 by Mikaël Salson !!-bug *-go client client-grid
- 2
updated Apr 23, 2021
Les utilisateurs ne peuvent pas supprimer un set

#4305 · created May 26, 2020 by Thonier Florian Web 2021.11 Jun 4, 2021 !!-annoying !!-bug LIL-Lille client priority-3-month server server-sample-sets user-request
- 18
updated Apr 23, 2021
Axes : ajustements suite au refactor de 2020

#4708 · created Feb 19, 2021 by Mathieu Giraud +-finalisation client-axis
- 2
updated Jun 11, 2021
Refonte de l'aligneur

#4523 · created Oct 14, 2020 by Mathieu Giraud !-hard !-reflexion client-aligner dev-refactor
- 5
updated Apr 08, 2021
Nouvelles germlines, clustérisation S22 et fenêtre décalée : k-mer commun entre V et D

#4665 · created Jan 26, 2021 by Mathieu Giraud bio-germlines cpp-heuristic
- 17
updated Apr 06, 2021
Recherche de séquence avec des caractères dégénérés

#1693 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team LIL-Lille bio-primers client client-cloneList client-filter client-speed priority-2
- 17
updated Apr 16, 2021
Config import AIRR pour le web

#4481 · created Sep 23, 2020 by Mathieu Giraud Mar 7, 2021 +-finalisation repseq-community repseq-formats-airr server-config
- 1
- 2
updated Feb 19, 2021
Réparer le déploiement continu du client, via Docker

#4418 · created Jul 28, 2020 by Mathieu Giraud *-go +-finalisation client dev-cd server-docker server-hosting
- 3
updated Apr 23, 2021
Afficher les primers/amorces dans le client

#3152 · created Apr 09, 2018 by Mathieu Giraud Apr 5, 2021 LIL-Lille bio-control bio-primers server-qc-stats
- 8
updated Feb 19, 2021
Réduire le nombre de requêtes pour la requête Sample_Set

#2475 · created May 19, 2017 by Ryan Herbert !-important !-reflexion +-working-dead server server-database server-speed
- 1
- 3
updated Dec 17, 2019
Groupes : mettre par défaut les droits usuels

#2408 · created May 05, 2017 by Mathieu Giraud +-merge server-admin server-auth server-groups
- 1
- 2
updated Jul 01, 2020
La liste des fichiers pour un compare patients/sets met trop de temps à s'afficher.

#2494 · created May 23, 2017 by Ryan Herbert !-important +-merge server server-speed
- 9
updated Apr 13, 2018
Séquences germinales non définies

#2384 · created Apr 21, 2017 by Ghost User !!-bug *-go bio-germlines client
- 4
updated Aug 30, 2017
Export csv avec clusters

#2326 · created Apr 05, 2017 by Mathieu Giraud +-working-dead PRA-Prague client client-export feature
- 1
updated Jul 20, 2018
Sélection de texte par le navigateur lors d'une sélection multiple avec Ctrl

#2382 · created Apr 18, 2017 by Téo Vasseur !!-bug *-go client-cloneList client-ergonomy client-keyboard client-ugly
- 2
updated May 22, 2017
Ajouter un clone: n'ajouter que les séquences des germlines qui sont dans m.system_available

#2202 · created Mar 01, 2017 by Mathieu Giraud app-analyze client client-virtual-clone
- 2
updated Jul 20, 2018
Supprimer GERMLINES_REGULAR / _INCOMPLETE suite à -i ?

#2153 · created Feb 01, 2017 by Mathieu Giraud *-go +-working-dead bio-germlines cpp-options
- 1
- 4
updated Feb 12, 2019
Supprimer les fichiers fused si aucun résultat n'existe plus avec cette config

#2486 · created May 23, 2017 by Mikaël Salson !!-bug *-go server server-fuse
- 0
updated Jul 12, 2018
app/analyze: mauvais affichage lorsqu'il n'y a que des séquences non segmentées

#2283 · created Mar 22, 2017 by Mathieu Giraud !!-bug *-go app-analyze priority-1-low
- 2
updated May 22, 2017
Killer les processus en timeout

#2213 · created Mar 02, 2017 by Mikaël Salson !!-bug *-go server server-task.py
- 5
updated May 12, 2020
Faire fonctionner segmenter.py lorsqu'il reçoit un fichier

#2071 · created Dec 15, 2016 by Mikaël Salson !!-bug *-go app-analyze
- 0
updated May 22, 2017
Notifications zombies

#1791 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team !!-bug *-go client-notifications priority-3-month server
- 2
updated Nov 09, 2017
Des e-valeurs sont supérieures à 1

#1607 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker !!-bug *-go bio-e-value client cpp-heuristic priority-1-low
- 0
updated May 22, 2017
Plot submenu: pas lisible sous Safari

#1374 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker !!-bug *-go client-grid priority-2
- 0
updated Nov 21, 2017
Cacher graph_menu quand le graphe est caché

#2423 · created May 10, 2017 by Téo Vasseur *-go client client-graph client-less-css client-ugly
- 1
updated May 22, 2017
print() à la python3

#2393 · created May 02, 2017 by Mathieu Giraud *-go dev-policy
- 1
updated Oct 26, 2017
La recherche de patients prend trop de temps

#2295 · created Mar 30, 2017 by Mikaël Salson !-hard !-important *-go server server-speed
- 10
updated Dec 17, 2019
Compare patients : checkbox pour n'afficher que les analyses les plus récentes par config

#2268 · created Mar 20, 2017 by Thonier Florian *-go LIL-Lille client-database doc server server-ergonomy
- 12
updated Feb 28, 2019
Le :hover sur les histogrammes reste trop longtemps

#2231 · created Mar 09, 2017 by Mathieu Giraud *-go client client-bar client-ergonomy priority-1-low
- 0
updated May 22, 2017
Filtrer la liste des sample_sets par groupe

#2146 · created Jan 31, 2017 by Mikaël Salson *-go BRU-Bruxelles server server-ergonomy server-groups server-sample-sets
- 0
updated Feb 28, 2019
Nom du serveur dans modules/defs.py

#2046 · created Dec 07, 2016 by Mathieu Giraud *-go server server-hosting
- 3
updated Sep 22, 2017
Conserver l'url suite à un login

#2042 · created Dec 06, 2016 by Mathieu Giraud *-go client-ergonomy priority-2 server-auth
- 0
updated May 22, 2017
Le créateur de la notification ne l'a pas visitée

#2039 · created Dec 02, 2016 by Mikaël Salson *-go client-ergonomy client-notifications priority-1-low server-admin
- 1
- 4
updated Mar 17, 2021
Légende sur l'export svg

#1951 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker *-too-vague client-export feature priority-2
- 0
updated Aug 04, 2020
Tooltips riches dans la webapp : implémentation

#1945 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team Web 2018.01 *-go bikeshedding client-ergonomy client-less-css doc priority-3-month
- 4
updated Jan 10, 2019
Clarifier ce que fait chaque config, éventuellement les renommer

#1944 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team Déploiement 2020.06 *-go beware-migration bikeshedding com com-first-time-user doc priority-2 server server-config support-policy
- 32
updated May 25, 2021
Se souvenir des amorces/primers utilisées : comment ?

#1253 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team !-hard !-reflexion #-aap-ADT-Inria #-quality LIL-Lille Paris-Pitié REN-Rennes bio-primers client-database feature priority-2 server-database server-qc-stats user-request
- 11
updated Feb 12, 2021
Changer germline/genes : voir changements de stats induits

#1616 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker *-go bio-control client feature priority-3-month
- 0
updated May 22, 2017
Liste des sets : info si les calculs sont finis ou pas

#1520 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker *-go server-database server-ergonomy server-task.py
- 0
updated Feb 28, 2019
Axes génériques, depuis .json (coverage, evalue...)

#1473 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team *-go bio-control client client-axis feature priority-3-month repseq-formats
- 0
updated May 22, 2017
Mettre un verrou tant que des fichiers sont en cours de run/upload pour ne pas lancer fuse ?

#2479 · created May 22, 2017 by Mikaël Salson !-hard !-reflexion server server-fuse server-speed
- 3
updated Aug 22, 2017
Mettre à disposition les reads non-segmentés

#2483 · created May 22, 2017 by Mathieu Giraud client-export feature repseq-platform server-config
- 0
updated May 22, 2017
Donner accès aux fichiers dans des sous-répertoires du répertoire temporaire

#2484 · created May 22, 2017 by Mathieu Giraud client-export feature repseq-platform
- 0
updated Nov 29, 2017
Pas de comparaison en dur à V/D/J

#2488 · created May 23, 2017 by Mathieu Giraud bio-germlines client dev-refactor
- 0
updated May 23, 2017
Initialiser la position des germlines V/D/J au bon endroit approximatif

#2489 · created May 23, 2017 by Mathieu Giraud client client-aligner
- 1
updated Aug 04, 2020
Segmenter : ordre des germlines/séquences

#2491 · created May 23, 2017 by Mathieu Giraud LIL-Lille client client-aligner user-request
- 1
updated Aug 30, 2017
mutliple_scatterplot : id des clones dans le dom

#2492 · created May 23, 2017 by Mathieu Giraud !-hard !-reflexion client client-bar client-grid dev-refactor
- 0
updated May 23, 2017
Retour à l'utilisateur à l'ouverture du compare sample/patients si de trop nombreux fichiers

#2495 · created May 23, 2017 by Thonier Florian !-reflexion client-ergonomy
- 1
updated May 24, 2017
Lignes des axes noires/grises

#2499 · created May 25, 2017 by Mathieu Giraud LIL-Lille client client-grid client-ugly user-request
- 11
updated Aug 09, 2018
Erreur JS avec l'axe 'clone average read length' dans la liste

#2503 · created May 30, 2017 by Téo Vasseur !!-bug *-go client client-axis client-cloneList
- 3
updated May 30, 2017
Pas assez de clones pour des études de répertoire

#2506 · created Jun 01, 2017 by Mathieu Giraud REN-Rennes bio-analyze-more
- 1
updated Apr 08, 2019
Vh pas trouvé, uniquement Dh-Jh

#2508 · created Jun 01, 2017 by Mathieu Giraud Algo -- Important !!-bug LIL-Lille bio-e-value cpp cpp-heuristic user-request
- 3
updated Jun 27, 2018
Aligneur : paramétrer pour que les alignements soient jolis

#2509 · created Jun 02, 2017 by Mathieu Giraud priority-1-low server-cgi
- 0
updated Jun 02, 2017
exportFasta: ne pas faire de choses particulières selon les germlines

#2511 · created Jun 02, 2017 by Mathieu Giraud bio-germlines bio-germlines-pseudo client dev-refactor
- 0
updated Jun 02, 2017
Comment déplacer efficacement un élément dans le DOM ?

#2513 · created Jun 07, 2017 by Mathieu Giraud vmi-responsive
- 5
updated Jun 26, 2017
Que devient l'auto-expansion du segmenteur en responsive ?

#2514 · created Jun 07, 2017 by Mathieu Giraud client-aligner client-responsive
- 0
updated Jun 07, 2017
Permettre de changer la taille entre différents éléments du responsive

#2515 · created Jun 07, 2017 by Mathieu Giraud client vmi-responsive
- 0
updated Jun 07, 2017
Est-ce que les vues ont une largeur maximale ?

#2516 · created Jun 07, 2017 by Mathieu Giraud client client-cloneList client-info vmi-responsive
- 0
updated Jun 07, 2017
On a moins de 100 clones avec la config MiXCR

#2520 · created Jun 08, 2017 by Mikaël Salson Paris-Pitié repseq-mixcr server-config
- 0
updated Jun 08, 2017
Casser un cluster devrait faire hériter aux clones la sélection et le focus

#2837 · created Nov 21, 2017 by Ghost User *-go client client-ergonomy client-filter
- 1
- 2
updated Apr 18, 2018
Discordance de productivité

#2526 · created Jun 09, 2017 by Mathieu Giraud Lille-LAL-next BRU-Bruxelles LIL-Lille bio-AA bio-CLL bio-productivity cpp user-request
- 1
- 35
updated Jun 08, 2021
Suppression de vue

#2527 · created Jun 13, 2017 by Mathieu Giraud client client-views vmi-responsive
- 0
updated Oct 13, 2017
Positionnement précis des vues

#2528 · created Jun 13, 2017 by Mathieu Giraud client client-views vmi-responsive
- 0
updated Aug 24, 2017
Simple clic : une vue à sa bonne place

#2529 · created Jun 13, 2017 by Mathieu Giraud client client-views vmi-responsive
- 0
updated Oct 13, 2017
Geste pour l'édition des vues

#2530 · created Jun 13, 2017 by Mathieu Giraud client client-views vmi-responsive
- 1
updated Jun 23, 2020
Lorsque finalement on n'ajoute pas de nouvelle vue

#2531 · created Jun 13, 2017 by Mathieu Giraud client client-views vmi-responsive
- 0
updated Oct 13, 2017
Mettre en valeur la vue en cours d'ajout

#2532 · created Jun 13, 2017 by Mathieu Giraud client client-views vmi-responsive
- 0
updated Oct 13, 2017
Nombre maximum de vues par panel lors de l'édition overlay

#2533 · created Jun 13, 2017 by Mathieu Giraud client client-views vmi-responsive
- 1
updated Oct 13, 2017
Remplacement automatique de vue lors du simple clic

#2534 · created Jun 13, 2017 by Mathieu Giraud client client-views vmi-responsive
- 3
updated Oct 13, 2017
Explication des droits d'accès pour les utilisateurs

#2538 · created Jun 22, 2017 by Mathieu Giraud doc server-auth
- 2
updated Jul 24, 2017
Nom de clone renommé invisible dans la liste

#2539 · created Jun 22, 2017 by Téo Vasseur !!-bug client client-cloneList
- 1
updated Jul 05, 2017
L'infobox peut être trop large en mode utilisateur

#2541 · created Jun 28, 2017 by Mikaël Salson Web 2018.01 !!-bug client client-ergonomy client-info client-ugly
- 1
updated Nov 29, 2017
Clones qui n'apparaissent pas dans un compare samples

#2542 · created Jun 28, 2017 by Mikaël Salson !!-bug KIE-Kiel server-compare-samples
- 2
updated Jun 28, 2017
Les tests unitaires sur la sélection multiple ne passent pas sous FF45

#2543 · created Jun 28, 2017 by Mikaël Salson client dev-tests
- 1
updated Jun 28, 2017
Développement de la nouvelle interface (vmi) et intégration dans Vidjil

#2544 · created Jun 29, 2017 by Téo Vasseur Web 2018.03 client vmi-responsive
- 5
updated Nov 20, 2018
Documenter vmi.js et vmi_mocker.js

#2545 · created Jun 29, 2017 by Mathieu Giraud Jun 30, 2017 !-important client doc vmi-responsive
- 2
updated Oct 13, 2017
Comment retravailler sur vmi indépendamment de Vidjil ?

#2546 · created Jun 29, 2017 by Mathieu Giraud client vmi-responsive
- 0
updated Oct 13, 2017
Générer des QR-codes pour les URLs

#2547 · created Jun 30, 2017 by Mathieu Giraud client-api client-export com
- 4
updated Dec 04, 2017
Il manque le premier et dernier axe dans le mod_bar (notament le preset 4)

#2548 · created Jun 30, 2017 by Thonier Florian !!-bug client client-axis client-bar
- 6
updated Aug 14, 2018
Moteur physique : on peut bloquer un petit clone derrière un ensemble de gros clones

#2113 · created Jan 18, 2017 by Mathieu Giraud !!-bug client client-grid
- 2
updated Jul 05, 2017
ajouter les tests fonctionnels dans make release_browser

#1443 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker *-go dev-ci dev-tests dev-tests-watir priority-2
- 0
updated Nov 18, 2017
Graîne pour xxx

#1915 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team bio-germlines-pseudo cpp-heuristic
- 1
updated Aug 27, 2020
Surveiller périodiquement les erreurs / tickets sur le serveur + nettoyer

#1647 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team Dec 13, 2016 !!-bug priority-3-month server server-hosting ⟳-recurring-issue
- 2
updated Jul 05, 2017
.segEdited dans model_loader:442

#1645 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker !!-bug client priority-2
- 0
updated Jul 05, 2017
Revoir la liste dans germline.js

#1609 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker !!-bug bio-germlines priority-2
- 0
updated Jul 05, 2017
test.data : faire un nouveau fichier

#1164 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker !!-bug client data dev-tests priority-2
- 0
updated Jul 05, 2017
VidjilFieldExtractor, extract : positions 5/4/3

#1836 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker repseq-mixcr repseq-platform
- 0
updated Dec 04, 2020
Gary

#1798 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker cpp-finesegmenter
- 0
updated Dec 04, 2020
DDJ en TRD+ / kmers 4 écrasent 5

#1692 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker bio-analyze-more bio-germlines dev-tests-curated-vdj
- 0
updated Dec 04, 2020
Représentative : trop courte ? Graine utilisée ? Et en multi-système ?

#1165 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team bio-analyze-more bio-germlines cpp cpp-representative
- 1
updated Dec 11, 2020
Heuristique i.0 : être capable d'inférer des germlines "inconnus"

#1400 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker !-hard !-important !-reflexion LON-Jack PAN-Necker bio-capture bio-germlines-pseudo cpp-heuristic feature priority-2
- 0
updated Jul 05, 2017
Ordre des chargements pour app.js/require.js

#2426 · created May 11, 2017 by Mathieu Giraud !-reflexion client
- 2
updated Jul 05, 2017
Se passer de Object.assign ?

#2413 · created May 09, 2017 by Mikaël Salson Web 2018.01 !-reflexion client dev-policy
- 15
updated Nov 16, 2017
Tous les ans, mettre à jour les librairies .js

#1171 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team Dec 12, 2016 client dev-robust priority-3-month ⟳-recurring-issue
- 6
updated Mar 25, 2021
Donner accès aux fichiers produits par les pre-process

#2143 · created Jan 30, 2017 by Mathieu Giraud client-export feature server server-pre-process
- 1
updated Jan 08, 2019
Doc pour Ngnix

#2083 · created Dec 27, 2016 by Mathieu Giraud doc server server-hosting
- 1
updated Jul 05, 2017
Être plus fin dans le choix du parseur BAM ou Fasta/Fastq

#2550 · created Jul 07, 2017 by Mathieu Giraud cpp cpp-options repseq-formats
- 2
updated Jul 07, 2017
La représentative couvre mal certains jeux de clones

#1541 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team !!-bug Paris-Pitié bio-control cpp-representative dev-robust priority-3-month
- 3
updated Apr 08, 2021
Ajout d'une fonction clipborad pour les graph pour exporter dans le rapport

#2040 · created Dec 02, 2016 by Thonier Florian !-reflexion PAR-Debré client-ergonomy client-export
- 0
updated Jul 10, 2017