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Attention une mise à jour du serveur va être effectuée le vendredi 16 avril entre 12h et 12h30. Cette mise à jour va générer une interruption du service de quelques minutes.

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  • #973

Closed
Open
Opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team@vidjilteamMaintainer

Automatiser création pseudo-germlines, en particulier Dd2-Dd3, get-germline incomplet

Je ne sais pas pourquoi la deadline est aujourd'hui. Le but serait déjà d'avoir les fichiers suivants, une séquence par fichier :

  • TRDD2.fa
  • TRDD3.fa
  • IGKKDE.fa
  • IGKINTRON.fa Pour la combinaison (TRDV + TRDD2), cela devrait se faire directement par germlines.data / parser C++.

08182493 : Dd2 et Dd3 Il reste KDE et INTRON, on les récupère où ?


C'est Aurélie qui nous les avait envoyé. On les met sur vidjil.org ?


Ok, vidjil.org/germline (donc pour l'instant sur bioinfo...).

Avant de le fixer dans le marbre (peut-être en le rentrant en dur dans le git vidjil, dans germline), on refera des tests voir si les séquences sont bonnes / trop courtes / trop longues.


J'attends donc juste que vdj/web soit déployé sur bioinfo pour le mettre dans le script :)


Bon, je les ai mis à la main sur rbx. 0ad7c6bd


à faire plus tard : vérifier les séquences, les mettre directement dans le git vidjil


c'est bon actuellement


@magiraud @mikael-s

To upload designs, you'll need to enable LFS and have an admin enable hashed storage. More information
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Assign to
None
Milestone
None
Assign milestone
Time tracking
None
Due date
None
Reference: vidjil/vidjil#973