Graph taille moyenne des reads en cas de pb de merge
Bonjour,
Sur certains échantillons avec des problèmes de qualité, le merge R1/R2 n'est pas optimal. Dans ce cas avec la config merge+R2, une partie des reads utilisés pour le clone est constitué uniquement du R2. Je me retrouve avec le graphique style "genescan" qui n'est pas tellement cohérent. La position de la barre sur l'axe des abscisse dépendant surtout de la proportion de merge vs R2 utilisée lors du regroupement des reads.
https://app.vidjil.org/64470-2?
Dans l'exemple ici, la mauvaise qualité est notamment causée par une suite de GGG dans le CDR3 et la technique de séquençage par le MiSeq le gère très mal. On attend en réalité 1 seul clone V1-69.