Taille de la fenêtre ID d'un clone - analyses IGL/IGK
Bonjour,
J'ai depuis peu ajouté des séquences générées par amplicon sur des réarrangements KAPPA et les analyses sont visuellement pas très jolies, c'est à dire que les clones sont très fragmentés. La/les amorces côté JK sont suffisamment proches pour être incluses dans la séquences ID du clone. Sur les chaînes légères, les CDR3 sont beaucoup plus courts à cause de l'absence de gène D. Est-ce nécessaire d'avoir une ID de 50 nucléotides tout de même ? Ne pourrait-on pas réduire un peu la fenêtre ?
Exemple de résultat KAPPA :
https://app.vidjil.org/60432-46?