Identifier le V dans les séquences non mergées
Pour certains samples particuliers, j'ai un faible % de reads mergés. J'en connais la raison : des produits PCR trop grand mais néanmoins séquencés. Généralement il s'agit bien de mon clone de LLC mais amplifié avec le J suivant dans l'ADN, probablement à cause d'une mutation empêchant une amplification correct par le J utilisé dans le réarrangement VDJ.
J'aimerais pour ces samples identifier le V dans les séquences non mergées. Est-ce que cela serait possible avec Vidjil ? Avec un autre outil ? Cela me permettrait d'être sûre que je me trouve dans le cas ci dessus : de grands produits PCR tous issus d'un même réarrangement VDJ dont j'identifie la séquence sur 15-30% des reads.