-u/-U + --gz : sortir des fichiers .fa.gz
Venant d'une remarque de @flothoni (vdj#1200)
met-on les options pour la compression ?
Pour l'instant --gz n'a pas d'impact sur -u /-U.
Pour --filter-reads, ce n'est pas critique dans les cas où l'on a "que" quelques centaines/milliers de reads. Mais en général cela pourrait être intéressant.
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