-u/-U + --gz : sortir des fichiers .fa.gz

Venant d'une remarque de @flothoni (vdj#1200)

met-on les options pour la compression ?

Pour l'instant --gz n'a pas d'impact sur -u /-U. Pour --filter-reads, ce n'est pas critique dans les cas où l'on a "que" quelques centaines/milliers de reads. Mais en général cela pourrait être intéressant.