--filter-reads : débrancher complètement la gestion des windows

The following discussion from !906 (merged) should be addressed:

D'ailleurs, en --filter-reads, on n'aurait pas besoin de stocker les windows... mais bon, on peut supposer que c'est négligeable (en temps, peut-être pas en mémoire).

Si on va par là, refactor nécessaire (ou bien nouvelle commande vraiment indépendante qui lance juste le KmerSegmenter). Ping #1180.