Suggestion de nouveaux warnings
De @flothoni, dans #2247 (closed) :
ce que je vois comme informations manquantes serait en amont de l'utilisation de vidjil, plus sur le preprocess (cf #3054 (closed) ) ou les fichiers sources.
- bad (mean) quality fastq
- short reads
- degenerated nucleotides
Je repense aux preprocess. Il m'était arrivé un jour à Necker de me retrouver avec des fichiers corrompus pour lesquelles le
gz
sortait des fichiers très inférieurs à sa propre taille, mais qui restait ds les règles du format fastq. Ca mériterais un warning mais je ne pense pas que l'on ait d'outil pour détecter ça.