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Mise à jour terminée. Pour connaître les apports de la version 13.8.4 par rapport à notre ancienne version vous pouvez lire les "Release Notes" suivantes :
https://about.gitlab.com/releases/2021/02/11/security-release-gitlab-13-8-4-released/
https://about.gitlab.com/releases/2021/02/05/gitlab-13-8-3-released/

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  • #4654

Closed
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Opened Jan 19, 2021 by Mathieu Giraud@magiraudOwner

vidjil-algo: warning quand une désignation a un mauvais score

Beaucoup de logiciels d'analyse indiquent des choses type pourcentage d'identité ou score à la blast.

De notre côté, nous avons certes des calculs assez précis de bio-e-value. Mais, quand une séquence passe le seuil, cela veut simplement dire "on estime que le match entre cette séquence et le gène de la germline n'est pas aléatoire"...

... ce qui ne veut pas dire que c'est le bon gène, juste que c'est le moins pire. On a parfois des cas où l'alignement avec le gene est vraiment douteux, une des causes pouvant être certes, un très forte hypermutation, mais aussi des allèles voir gènes non référencés dans nos bio-germlines. Dans ce cas on passe tout de même la bio-e-value car il y a une homologie entre les IGHV.

Pourrait-on par exemple lever un client-warning quand le score n'est "pas bon" ? Mais comment évaluer cela ?

To upload designs, you'll need to enable LFS and have an admin enable hashed storage. More information
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Reference: vidjil/vidjil#4654