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  • #4620

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Opened Dec 23, 2020 by Mathieu Giraud@magiraudOwner

Sous-espèces et germlines (quasi-)dupliquées

Vu à l'occasion de !839 (comment 428910):

@mikael-s

Est-ce que ces différentes sous-espèces ont bien des noms de gènes différents ? Autrement dit est-ce que, par exemple, on ne va pas se retrouver avec deux IGHV1*01 chez Sus scrofa ?

@flothoni

On a pire que ça: on a plusieurs fois les mêmes entrées pour un même combo segment/allèle/sous-espèce. (...)

mais au final

On voit que le problème ne concerne donc que les fichiers des classes et pas les germlines directement. Cependant, les séquences ne sont pas les mêmes lorsqu'il y a des duplications...

Qu'en est-il pour Mus Musculus et les autres déjà présentes ? Que faire s'il y a vraiment une ambiguïté ?

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Reference: vidjil/vidjil#4620