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  • #3898

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Opened Apr 05, 2019 by Thonier Florian@flothoniMaintainer

Erreur dans le calcul de certain coverage

Je viens de regarder des données : https://app.vidjil.org/index.html?custom=53049&custom=54345&clone=43,82 Il s'agit du même clone avec une variation dasn le strectch de A. donc en lisant les tableaux de coverage de l'un et de l'autre, j'ai eu un doute.

_average_read_length 251 251
_coverage_info 119 bp (51% of 251.0 bp) 129 bp (51% of 251.0 bp)
_coverage 0.51792 0.51394

En comparant les deux tableaux, j'ai remarqué que 129 gt 119, pourtant, le coverage est en sens inverse. En faisant le calcul, il se trouve que c'est le premier qui est faux, 119 étant moins que la moitié que 251... On devrait donc avoir pour être précis 47,4103585657 dans la première colonne.

Je ne sais pas à quoi cette variation est dûe. Elle est présente dans le .vidjil

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None
Milestone
None
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None
Due date
None
Reference: vidjil/vidjil#3898