Comment calculer les informations à stocker pour des données pairées ou single-cell ?
Dans #2344 on parle de la manière de stocker les données. Mais qui produit ce fichier ? et comment ?
Pour un fuse sur ce type de données que veut dire un -t 100 ? Si on a des chaines pairées on n'a pas envie de ne se retrouver qu'avec un seul clone de la paire (parce que le second ne serait pas dans le top 100). En gros on voudrait les 100 meilleures paires.
Mais avec du single cell, c'est différent. On ne veut pas les clones des 100 "meilleures" cellules. Que veut-on ? Le top X de toutes les cellules ?
Et qui produit le fichier ? Si on a 1000 cellules, c'est 1000 lancement de Vidjil-algo. Et donc c'est le fuse qui se charge de produire un fichier .vidjil final à partir des 1000 .vidjil ? (je ne parle volontairement pas des données pairées ici car je ne sais même pas sous quelle forme sont les données)