GitLab

Exemple de sortie de should-vdj-to-tap.py --ignore_N sur les données de vdj@1f916871 :

#! not ok - (IGKV1-39*01, IGKV1D-39*01) IGKJ1*01  - found instead  1 253 254 272        IGKV1D-39*01 1//2 IGKJ1*01

Pourtant la désignation donnée par Vidjil a l'air correcte. Mais la regex est

[[:space:]]*(IGKV1-39[*]01.*|IGKV1D-39[*]01)[[:space:]]*IGKJ1[*]01

et au milieu il ne semble pas y avoir la place pour un N dans la regex.

Mais pourtant une désignation IGKV1D-39*01 1//2 IGKJ1*01 est vue correcte malgré une regex qui ne laisse pas plus de place à du N : [[:space:]]*(IGKV1D-39([*][[:digit:]]*)?.*|IGKV1-39([*][[:digit:]]*)?)[[:space:]]*IGKJ2([*][[:digit:]]*)?