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should-vdj-to-tap: est-ce que `--ignore_N` fonctionne correctement ?
Exemple de sortie de should-vdj-to-tap.py --ignore_N sur les données de vdj@1f916871 :
#! not ok - (IGKV1-39*01, IGKV1D-39*01) IGKJ1*01 - found instead 1 253 254 272 IGKV1D-39*01 1//2 IGKJ1*01Pourtant la désignation donnée par Vidjil a l'air correcte. Mais la regex est
[[:space:]]*(IGKV1-39[*]01.*|IGKV1D-39[*]01)[[:space:]]*IGKJ1[*]01et au milieu il ne semble pas y avoir la place pour un N dans la regex.
Mais pourtant une désignation IGKV1D-39*01 1//2 IGKJ1*01 est vue correcte malgré une regex qui ne laisse pas plus de place à du N : [[:space:]]*(IGKV1D-39([*][[:digit:]]*)?.*|IGKV1-39([*][[:digit:]]*)?)[[:space:]]*IGKJ2([*][[:digit:]]*)?