Documenter les besoins mémoire de vidjil-algo
Depuis #3652 (comment 179079).
Ajouter les CD, du même ordre de grandeur que les IGHV (100 kbp), pourrait mettre à plat certaines machines sur dev-ci... alors que le même job s'éxécute en 2 secondes sur un portable. Est-ce parce que les CD ont une structure particulière (beaucoup plus de k-mers que les IGH dans leur ensemble, donc plus de cpp-mem) ? Il suffit qu'on passe au-dessus d'une limite et on swappe.
Indépendamment des CD, cela pose la question de l'efficacité et de ce qu'on conseille comme machines.
server.md indique :
vidjil-algo typically uses approx. 1.2GB of RAM to run on a 1GB
.fastqand will take approx. 5+ minutes. Therefore in order to process requests from a single user with a few samples, any standard multi-core processor with 2GB RAM will be enough.
Est-ce à mettre à jour après !78 (merged) ? Ces infos devraient être aussi dans vidjil-algo.md.
Enfin, si on conseille 2GB de RAM et si nos slaves ont 1GB de RAM, c'est tout à notre honneur, on teste dans des conditions plus difficiles... mais est-ce que tests-speed serait amélioré avec des slaves qui auraient tous 2GB ?