Vocabulaire vidjil-algo Kmer/Fine

@mikael-s, !245 (comment 108065)

Il y a analyze qui est utilisé dans deux sens : pour l'heuristique et pour la désignation VDJ. Je trouve que ça n'aide pas à la compréhension.

Mille fois oui !!! On est souvent embêté, pour l'instant c'était "full analysis" ou "further analysis" pour Fine et effectivement c'est confus.

Je pense qu'il faudrait parler de VDJ designation ou VDJ assignment dans le 2è cas et donc dans les options ne pas avoir du analysis partout.

Pourquoi pas ! C'est bien "assignment" et pas "assignation". Il faudrait avoir un verbe et un nom commun. Cela donnerait, avec d'autres possibilités :

• "V(D)J genes designation" / "to design V(D)J genes" (verbe bof ?)
• "V(D)J genes assignment" / "to assign V(D)J genes"
• "V(D)J genes labeling" / "to label V(D)J genes" -> conflit avec "labeled sequences"
• "V(D)J genes tagging" / "to tag V(D)J genes" -> conflit avec "tag" dans client
• "V(D)J genes identification" / "to identify V(D)J gene"
• autres ?

(cc @RyanHerb : y a-t-il des expressions qui font bizarre en anglais (en américain plutôt :-)) ?)

Pendant qu'on y est, pourrait-on être encore plus précis sur la première phase et utiliser par exemple "recombination detection" / "to detect recombinations" (modulo #1724 (closed), hihihi) ? Ce qui permettrait de garder "analysis" / "analyzed reads" pour le process global.

Une fois décidé, cela s'appliquera

• aux noms des options !245 (closed)
• doc/vidjil-algo.md
• quelques messages dans vidjil.cpp
• dans le client, voir s'il y a des choses
• com, site web
• slides de présentation

(Au passage, j'ai encore changé des "segment" la semaine dernière :-)