GitLab

Une réflexion parallèle à #2120 (closed)/#3387 (closed) : l'espace mémoire au cours de la phase 1 provient quasi totalement de map<junction, BinReadStorage > seqs_by_window. Vu ce qu'il y a dans le BinReadStorage, il est probable que cela soit dominé par les list<Sequence> *bins. Dans une Sequence, il y a :

typedef struct read_t
{
  string label_full;
  string label;
  string sequence; // Sequence: original string representation
  string quality;
  int*   seq;      // Sequence: seq representation
  size_t    marked_pos; // Some marked position in the sequence
} Sequence;

Est-ce que tout cela est vraiment conservé et utile ?

• La quality double la taille (mais elle est utile pour la representative, c'est cela ?)
• label_full et label pourraient être supprimés (mais bon, quasi-négligeable ?), sauf quand on veut -a ou -u
• Est-ce que cela aurait un intérêt de stocker sequence et quality de manière compressée ?

cc @boreec