Une séquence passe en unexpected au lieu d'IGH
Ce n'est pas extrêmement choquant vue la séquence.
Il s'agit de la séquence #1347 vh2 de gosh-igh.should-vdj.fa. Elle contient un réarrangement VDJ normal mais à la fin elle a aussi du V dans le sens négatif.
Auparavant la séquence était vue comme une séquence VDJ normale mais avec la mise à jour des germlines, on a plus de k-mers reconnus comme V- à la fin de la séquence ce qui donne une meilleure e-valeur à la recombinaison inattendue par rapport à la VDJ classique.
Voici les affectations :
_ _ _ _ _ _ _+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H
+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H
+H+H+H+H+H+H ?+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _
_ _ _ _+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H
+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H
+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H
+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _+H _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+h+h+h+h+h+h+h+h+h _ _ _ _ _ _+h _ _ _ _ _ _+h+h+h
+h+h+h+h _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H
-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H
-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-HEst-on choqué que ce soit unexpected ou non ?
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