The one place for your designs
To enable design management, you'll need to meet the requirements. If you need help, reach out to our support team for assistance.
Une séquence passe en unexpected au lieu d'IGH
Ce n'est pas extrêmement choquant vue la séquence.
Il s'agit de la séquence #1347 vh2 de gosh-igh.should-vdj.fa. Elle contient un réarrangement VDJ normal mais à la fin elle a aussi du V dans le sens négatif.
Auparavant la séquence était vue comme une séquence VDJ normale mais avec la mise à jour des germlines, on a plus de k-mers reconnus comme V- à la fin de la séquence ce qui donne une meilleure e-valeur à la recombinaison inattendue par rapport à la VDJ classique.
Voici les affectations :
_ _ _ _ _ _ _+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H
+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H
+H+H+H+H+H+H ?+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _
_ _ _ _+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H
+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H
+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H
+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _+H _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+h+h+h+h+h+h+h+h+h _ _ _ _ _ _+h _ _ _ _ _ _+h+h+h
+h+h+h+h _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H
-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H
-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-HEst-on choqué que ce soit unexpected ou non ?