Skip to content
GitLab
Projects Groups Snippets
  • /
  • Help
    • Help
    • Support
    • Community forum
    • Submit feedback
    • Contribute to GitLab
  • Sign in
  • vidjil vidjil
  • Project information
    • Project information
    • Activity
    • Labels
    • Members
  • Repository
    • Repository
    • Files
    • Commits
    • Branches
    • Tags
    • Contributors
    • Graph
    • Compare
  • Issues 1,739
    • Issues 1,739
    • List
    • Boards
    • Service Desk
    • Milestones
  • Merge requests 105
    • Merge requests 105
  • CI/CD
    • CI/CD
    • Pipelines
    • Jobs
    • Schedules
  • Deployments
    • Deployments
    • Environments
    • Releases
  • Packages and registries
    • Packages and registries
    • Container Registry
  • Monitor
    • Monitor
    • Incidents
  • Analytics
    • Analytics
    • Value stream
    • CI/CD
    • Repository
  • Snippets
    • Snippets
  • Activity
  • Graph
  • Create a new issue
  • Jobs
  • Commits
  • Issue Boards
Collapse sidebar

Attention une mise à jour du service Gitlab va être effectuée le mardi 07 février entre 13h30 et 14h00. Cette mise à jour va générer une interruption du service dont nous ne maîtrisons pas complètement la durée mais qui ne devrait pas excéder quelques minutes (habituellement de l'ordre de trois minutes).

  • vidjilvidjil
  • vidjilvidjil
  • Issues
  • #3305
Closed
Open
Issue created Jun 25, 2018 by Mikaël Salson@mikael-sOwner

Sortir un alignement multiple de reads d'un clone

(similaire mais différent de #1972)

En répondant à #3290 je me rends compte qu'il serait possible de sortir automatiquement (mais à la demande, en cliquant quelque part) un alignement multiple d'un échantillon aléatoire de reads d'un clone.

Il suffit de lancer vidjil-algo avec l'option -FaW sur le germline du clone considéré (c'est donc assez rapide) puis de lancer un alignement multiple. Ce lancement peut se faire de manière asynchrone de la même manière que se fait l'analyse (mystérieuse) de la contamination (cf. #1744).

C'est une première étape qui permettrait ensuite #1972. Cette étape permettrait déjà aux utilisatrices et utilisateurs de vérifier des données que lesquelles des doutes existent.

To upload designs, you'll need to enable LFS and have an admin enable hashed storage. More information
Assignee
Assign to
Time tracking