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  • #3301

Closed
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Opened Jun 22, 2018 by Mathieu Giraud@magiraudOwner

Allèles non *01 (non-génome de référence) et up-downstream

Spécialisation de #3009 (closed) pour les allèles *02 et autres

@mikael-s, !148 (comment 99385):

En fait on ne sait pas récupérer la séquence aval de IGHJ6*02 car c'est un allèle

Décide-t-on de

  • prendre la même séquence aval que le génome (et que *01) ? Pourquoi pas, mais... il peut y avoir aussi des mutations dans les séquences aval, non connues dans le génome de référence et cachées ailleurs
  • ne pas prendre de séquence aval pour *02 ? Cela crée une dissymétrie, mais, d'un autre côté, si on a beaucoup d'aval qui colle parfaitement avec *01, c'est difficile de dire qu'on devrait coller à *02 ?
Edited Jun 22, 2018 by Mathieu Giraud
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None
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None
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None
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None
Reference: vidjil/vidjil#3301