Fichiers BAM avec données pairées : exception ou non ?
Lorsque le BAM avait été implanté, il avait été prévu de ne pas permettre l'utilisation de données pairées (car les reads ne sont pas fusionnés), comme indiqué dans la doc. Une exception est donc levée dans un tel cas. Il existe un seul cas où on devrait permettre cela : du RNA-Seq car fusionner les reads ne présente aucun intérêt.
Or le seul cas de BAM uploadé sur le serveur public c'est du RNA-Seq pairé ! (#3263 (closed))
On peut très bien rester sur une exception (avec un message plus explicite car là c'est uniquement une assertion qui échoue) et dire qu'on ne gère que les FASTQ. Aucune garantie sur le reste. Une alternative serait de mettre un warning (#2247). Le problème c'est qu'une personne envoyant un fichier BAM avec des données pairées d'amplicons verra ses données analysées juste avec un warning et serait probablement assez peu motivée pour réuploader 2 FASTQ et relancer l'analyse alors qu'elle a déjà des résultats devant les yeux.