GitLab

Discuté avec @boreec : de manière complémentaire à #3227, on peut aussi désormais évaluer le temps total et le gain apporté par l'automate (par exemple à N=1, 5, 10) "en vrai", depuis l'extérieur, par un time. Commandes proposées, normalement du moins favorable au plus favorable :

• make shouldvdj (une cinquantaine de lancements, 1 à quelques séquences par lancement donc en plus)
• ./vidjil-algo -g germline -r 1 -z 100 demo/LIL-L4.fastq.gz (1 seul lancement, multi-germlines, pas de IGH)
• ./vidjil-algo -c segment -g germline/homo-sapiens.g:IGH -x 100 demo/Stanford_S22.fasta  (1 seul lancement, que de l'alignement IGH) (pour les deux dernières commandes , -z/x 1000 voire -z/x 10000 la nuit)

On doit être conscient que l'accélaration finale pour l'utilisateur sera cependant inférieure à ce dernier cas (car il y a les "autres étapes", que ce soit à l'intérieur ou à l'extérieur)