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Supprimer les k-mers non significatifs ?
(Juste une réflexion peut-être non pertinente, à voir uniquement si le temps du filtrage reste significatif après #3217 (closed).)
Sur IGHV (347 gènes), en prenant des k-mers de taille 5:
- 1031 k-mers différents, dont
- 36 k-mers qui apparaissent dans >= 300 des gènes.
- environ 500 k-mers qui apparaissent dans >= 50 des gènes
Cela fait beaucoup de k-mers qui apparaissent très souvent (et qui vont "charger" l'automate, le match ne serait-il pas en O(zn), où z est le nombre moyen d'affectations par k-mer) ?
On verra quand on aura le temps exact du filtrage (sans suppression) pour #3190 (closed) et après #3217 (closed), mais est-ce que ces 36 kmers apparaissant trop souvent apportent vraiment du signal dans le filtrage ? (Ils peuvent certes amener un signal négatif, on pourrait à la limite stocker cette info.)