should.py et tests avec utilisation conséquente du shell (#3197) · Issues · vidjil / vidjil

should.py et tests avec utilisation conséquente du shell

3 tests posaient des problèmes liés au shell, uniquement sur kapla sur dev-ci (chez moi cela passe, et @mikael-s, chez toi ?) :

should-get-tests/10-md5-germline.should-get
should-get-tests/large-r.should-get
should-get-tests/tools-vdj-assign-direct-input.should-get

J'imagine que cela vient, dans should.py, de l'appel subprocess.POpen([cmd], shell=True, ...) (testé avec cmd à la place de [cmd], pas mieux) qui ne réalise pas exactement la même chose que l'invocation précédente dans should-to-tap.

Avec 148fc115, on en corrige deux. (Mais pourquoi {homo-sapiens,mus-musculus,rattus-norvegicus}/*.fa ne passe pas sur kapla alors qu'il passe chez moi ?).

https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/89764 -> Il ne reste plus que should-get-tests/large-r.should-get, avec un for, qui ne passe pas (et bloque #3116 (closed)).

@mikael-s, si tu es motivé pour trouver ce qu'il bloque, merci... sinon je crée un large-r.sh qui fait ce qu'il faut et qui est appelé depuis large-r.should-get, cela solutionnera le problème.

3 tests posaient des problèmes liés au shell, uniquement sur `kapla` sur ~"dev-ci"  (chez moi cela passe, et @mikael-s, chez toi ?) : 
```
should-get-tests/10-md5-germline.should-get
should-get-tests/large-r.should-get
should-get-tests/tools-vdj-assign-direct-input.should-get
```

J'imagine que cela vient, dans `should.py`, de l'appel `subprocess.POpen([cmd], shell=True, ...)` (testé avec `cmd` à la place de `[cmd]`, pas mieux) qui ne réalise pas exactement la même chose que l'invocation précédente dans `should-to-tap`.

Avec 148fc115, on en corrige deux. (Mais pourquoi `{homo-sapiens,mus-musculus,rattus-norvegicus}/*.fa` ne passe pas sur `kapla` alors qu'il passe chez moi ?).

https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/89764 -> Il ne reste plus que `should-get-tests/large-r.should-get`, avec un `for`, qui ne passe pas (et bloque #3116).

@mikael-s, si tu es motivé pour trouver ce qu'il bloque, merci... sinon je crée un `large-r.sh` qui fait ce qu'il faut et qui est appelé depuis `large-r.should-get`, cela solutionnera le problème.

To upload designs, you'll need to enable LFS and have admin enable hashed storage. More information