Statistiques multi-samples et contrôle de qualité run/sample, plan de bataille
Discuté avec @flothoni et @mikael-s suite à ec-ngs à Lille. Le point le plus revenu dans les échanges, on s'y met en mai-juin de notre côté.
Prérequis, pipeline de base
- contrôleur préparant des métadonnées + ensemble de
.vidjil#3041 (closed) - qui récupère des infos des
.vidjil#3172 (closed) (donc #2240 (closed)) - puis vue générique #2235 (closed) (app-stats: autre chose, plutôt explorer distributions V/J)
Premier but: commencer déjà par infos présentes dans .vidjil, typiquement nombre de reads segmentées et clone principal avec son abondance.
Puis
-
(Jouable) Plus d'infos dans le
.vidjil, mieux structurées, déjà depuis vidjil-algo -
(Jouable) vue spécifique #2875, spécialise #2235 (closed) pour QC, contrôles
-
!-hard plus fort que #2875, profil par type de manipulation (sequenceur, données, ..) ou utilisateur #3168
-
Présence des primers #3152 (closed) #1253
-
!-hard (modification db) Pré-process #3154 (déjà PEAR #3054 (closed))