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  • #3171

Closed
Open
Opened Apr 13, 2018 by Mathieu Giraud@magiraudOwner

Statistiques multi-samples et contrôle de qualité run/sample, plan de bataille

Discuté avec @flothoni et @mikael-s suite à ec-ngs à Lille. Le point le plus revenu dans les échanges, on s'y met en mai-juin de notre côté.

Prérequis, pipeline de base

  • contrôleur préparant des métadonnées + ensemble de .vidjil #3041 (closed)
  • qui récupère des infos des .vidjil #3172 (closed) (donc #2240 (closed))
  • puis vue générique #2235 (closed) (app-stats: autre chose, plutôt explorer distributions V/J)

Premier but: commencer déjà par infos présentes dans .vidjil, typiquement nombre de reads segmentées et clone principal avec son abondance.

Puis

  • (Jouable) Plus d'infos dans le .vidjil, mieux structurées, déjà depuis vidjil-algo

    • les UNSEG triés #3049
    • warnings par clone / sample #3086 #3060. Documenter, en faire de nouveaux
  • (Jouable) vue spécifique #2875, spécialise #2235 (closed) pour QC, contrôles

  • !-hard plus fort que #2875, profil par type de manipulation (sequenceur, données, ..) ou utilisateur #3168

  • Présence des primers #3152 #1253

  • !-hard (modification db) Pré-process #3154 (déjà PEAR #3054 (closed))

Edited Apr 20, 2018 by Mathieu Giraud
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Assignee
Assign to
None
Milestone
None
Assign milestone
Time tracking
None
Due date
None
Reference: vidjil/vidjil#3171