GitLab

Discuté avec @flothoni et @mikael-s suite à ec-ngs à Lille. Le point le plus revenu dans les échanges, on s'y met en mai-juin de notre côté.

Prérequis, pipeline de base

• contrôleur préparant des métadonnées + ensemble de .vidjil #3041 (closed)
• qui récupère des infos des .vidjil #3172 (closed) (donc #2240 (closed))
• puis vue générique #2235 (closed) (app-stats: autre chose, plutôt explorer distributions V/J)

Premier but: commencer déjà par infos présentes dans .vidjil, typiquement nombre de reads segmentées et clone principal avec son abondance.

Puis

• (Jouable) Plus d'infos dans le .vidjil, mieux structurées, déjà depuis vidjil-algo

  • les UNSEG triés #3049
  • warnings par clone / sample #3086 #3060. Documenter, en faire de nouveaux

• (Jouable) vue spécifique #2875, spécialise #2235 (closed) pour QC, contrôles

• !-hard plus fort que #2875, profil par type de manipulation (sequenceur, données, ..) ou utilisateur #3168

• Présence des primers #3152 #1253

• !-hard (modification db) Pré-process #3154 (déjà PEAR #3054 (closed))