The one place for your designs
To enable design management, you'll need to meet the requirements. If you need help, reach out to our support team for assistance.
Ikaros : les séquences communiquées sont trop longues, voir ce qu'il faut garder
La région 3'UTR communiquée par PAR-Debré est grande (près de 800nt) et il est impossible qu'un read couvre toute la région (plus un autre intron).
Cela pose des problèmes d'analyse (#3066 (closed)), à cause du grand nombre de délétions, des séquences moins pertinentes peuvent-être préférées. Même si idéalement ça serait mieux de garder toute la séquence on peut prévoir de n'en garder qu'une partie ou de la couper en plusieurs morceaux.
D'après les documents de PAR-Debré il y a souvent un point de cassure pas très loin de la fin du 3'UTR (autour d'une centaine de nt) et les exemples qu'ils nous ont donné correspondent à ce point de cassure. Dans leur document il y a un autre point de cassure beaucoup plus lointain dans le 3'UTR qui ne peut jamais être atteint par un read en ayant une amorce à la fin du 3'UTR.
Et en fait la question se pose également pour l'intron 1 et l'intron 1 var (entre 600 et 700nt de long).
Ça serait bien de voir avec PAR-Debré ce qu'il en est : peut-on on couper en plusieurs morceaux ? ne garder qu'une partie des séquences ? y a-t-il d'autres points de cassure qui sont possibles ?