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Si vous êtes un personnel Inria et que vous souhaitez participer aux tests de notre future plateforme Gitlab basée sur la version ultimate avec gitlab LFS activé merci de contacter Didier Chassignol.

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  • #2993
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Created Jan 18, 2018 by Mathieu Giraud@magiraudOwner

SEG_METHOD_543C : ne pas prendre en compte C dans la p-valeur du J

Pour résoudre #2964 (closed), discussion avec @mikael-s

  • stocker dans les index les gènes constants (36 KB en IGH)
  • point central: lorsqu'on a VVV_DD_JJJJ_CCCC, ne pas prendre en compte la zone CCCC pour la p-valeur du J
  • puis éventuellement #2994/#2995

Si les gènes constants sont trop gros, un pis-aller serait de ne pas considérer, dans VVV_DD_JJJJ______, la zone vide à droite du J. Mais c'est potentiellement dangereux.

Fait-on d'un même coup quelque chose SEG_METHOD_C543C, configurable ? Ou on a le temps de voir venir ?

Demande en tout cas d'abord #2968.

Edited Jan 18, 2018 by Mathieu Giraud
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