Skip to content

GitLab

  • Menu
Projects Groups Snippets
    • Loading...
  • Help
    • Help
    • Support
    • Community forum
    • Submit feedback
    • Contribute to GitLab
  • Sign in
  • vidjil vidjil
  • Project information
    • Project information
    • Activity
    • Labels
    • Members
  • Repository
    • Repository
    • Files
    • Commits
    • Branches
    • Tags
    • Contributors
    • Graph
    • Compare
  • Issues 1,697
    • Issues 1,697
    • List
    • Boards
    • Service Desk
    • Milestones
  • Merge requests 91
    • Merge requests 91
  • CI/CD
    • CI/CD
    • Pipelines
    • Jobs
    • Schedules
  • Deployments
    • Deployments
    • Environments
    • Releases
  • Monitor
    • Monitor
    • Incidents
  • Packages & Registries
    • Packages & Registries
    • Container Registry
  • Analytics
    • Analytics
    • Value stream
    • CI/CD
    • Repository
  • Snippets
    • Snippets
  • Activity
  • Graph
  • Create a new issue
  • Jobs
  • Commits
  • Issue Boards
Collapse sidebar
  • vidjil
  • vidjilvidjil
  • Issues
  • #2704

Closed
Open
Created Oct 10, 2017 by Mikaël Salson@mikael-sOwner

Remplacer les presets avec « clone consensus length » par « clone average length » ?

La longueur de la séquence consensus est peu interprétable et difficile à expliquer, on devrait se contenter d'afficher la longueur des reads moyenne d'un clone.

Un exemple où cela serait nettement mieux (ne pas se mettre en mode bar pour tester, à cause de #2703 (closed)) : http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=25317&config=2 Quand on regarde la longueur de la séquence consensus, on voit que le clone principal a une longueur un peu inférieure à ses sous-clones, ce qui pourrait donner l'impression d'une sous-population différente. Mais en fait quand on passe en « clone average read length », on se rend compte que tous ont bien la même taille moyenne de reads.

La différence de longueur de séquence consensus est juste due à l'heuristique de calcul de la consensus et apporte plus de bruit que d'information.

Pour l'instant bloqué par #2703 (closed), mais à faire juste après.

cc @flothoni

Edited Nov 20, 2017 by Mathieu Giraud
To upload designs, you'll need to enable LFS and have an admin enable hashed storage. More information
Assignee
Assign to
Time tracking