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Lancer tous les tests should-vdj avec une seule instance de Vidjil ?
J'anticipe que les tests avec Aho seront plus longs car :
- la construction de l'automate est plus longue que de mettre des k-mers dans une table ;
- la destruction de l'automate est assez longue (il faut parcourir l'automate en profondeur pour le détruire).
Ce n'est pas un problème en pratique car c'est bien l'étape d'analyse des données qui dominera largement le temps. Mais c'est un problème pour les tests car Vidjil est lancé très souvent avec un rechargement à chaque fois des germlines, surtout pour les should-vdj. Pourrait-on faire un gros fichier .fa concaténant tous les should-vdj et lancer Vidjil une seule fois dessus ?
cc @magiraud