Mauvais CDR3 trouvé lorsqu'on utilise des germlines non gappés

Mail de Andrea Marquard :

>clone-001--human_tra--0009653--69.1%--SJYUR:01076:03044-[122,307]-#2 - 186 bp (125% of 148.1 bp) + VJ
1 124 125 186 TRAV12-3*01 0//8 TRAJ31*01  human_tra SEG_+ 1.374841e-24 0.000000e+00/1.374841e-24 {112(43)154 u CAMN#VPDSCLEMEL}
TCCAGTGGTAACAAAGAAGATGGAAGGTTTACAGCACAGGTCGATAAATCCAGCAAGTATATCTCCTTGTTCATCAGAGACTCACAGCCCAGTGATTCAGCCACCTACCTCTGTGCAATGAACG

GTGCCAGACTCATGTTTGGAGATGGAACTCAGCTGGTGGTGAAGCCCAATATCCAGAACCCT

Le CDR3 attendu (et trouvé par IMGT aussi bien que MiXCR) est CAMNGARLMF.

On trouve donc un CDR3 plus long qu'attendu et non productif, alors qu'on est censé avoir un CDR3 productif apparemment.

cc @magiraud