Features de séquences et axes : concepts et liens
Discussion débutée avec @RyanHerb.
Nous avons deux concepts dont nous souhaitons améliorer la généricité :
- les "features" ~"client-segmenter" (quelque chose sur une portion de la séquence) #2136 (closed) #2137
- les "axes" client-axis (une valeur pour un clone) #1471 (closed) #2175 (closed)
Déjà, sommes-nous cohérents dans notre vocabulaire, entre "feature" et "axe" ? (Meilleur nom que "axe" ?) (#2136 (closed) parle-t-il de feature ou d'axes ?)
Est-ce que ce sont toujours deux concepts bien séparés ? Il y a parfois des liens entre ces concepts. C'est le cas de #2043 (closed) @flothoni : on peut calculer un axe à partir de feature. Longueur de N, entre deux primers... on pourrait en avoir d'autres (nombre de D, ...).
Et des features sur toute la séquence sont naturellement des axes... la description du format .vidjil indique :
// any feature to be highlighted in the sequence, with optional fields related to this feature:
// - "start"/"stop" : positions on the clone sequence (starting at 1)
// - "seq" : a sequence
// - "val" : a numerical value
// - "info" : a textual vlaue
"somefeature": { "start": 56, "stop": 61, "seq": "ACTGTA", "val": 145.7, "info": "analyzed with xyz" },
// Numerical or textual features concerning all the sequence or its analysis (such as 'evalue')
// can be provided by omitting "start" and "stop" elements.
"someotherfeature": {"val": 0.004521},Ici on aimerait clairement pouvoir afficher someotherfeature comme un axe.
Mais ces deux concepts sont tout de même fort différents. Que nous évoquent-ils ? Quelque part, le client Vidjil n'est-il pas principalement un affichage de clones avec des features et des axes (et des samples) ?
cc @mikael-s