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  • #1955

Closed
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Opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team@vidjilteamMaintainer

Les identifiants de clones ne sont pas uniques pour MiXCR

Pour l'instant on a CDR3, gène V, gène J. Si je me souviens bien ce que nous avait dit Shugay, il manque les hypermutations. Est-ce que cela suffira ? Ou alors faut-il fusionner les ID identiques dans fuse.py (et non pas en prendre aléatoirement un) ?


J'ai enlevé MiXCR des configs publiques puisqu'en l'état les résultats risquent d'être incorrects : ce qui est le cas pour notre fichier de démo où MiXCR ne voyait pas la rechute… en fait il semblerait plutôt que ce soit de notre faute.


ping : normalement tout est bon ?


Ces clones sont maintenant fusionnés par la sortie au format Vidjil.


merci


@magiraud @RyanHerb @mikael-s

To upload designs, you'll need to enable LFS and have an admin enable hashed storage. More information
Assignee
Assign to
None
Milestone
None
Assign milestone
Time tracking
None
Due date
None
Reference: vidjil/vidjil#1955