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VidjilFieldExtractor, extract : positions 5/4/3
pos.put("5start", 0); pos.put("5end", 10); pos.put("4start", 11); ... → récupérer les bonnes valeurs.
Peut-être un truc dans VDJCAHit. .getPosition(ReferencePoint.JBeginTrimmed) ?
Pas facile, demande à comprendre plein d'objets. Proposition : on demandera à M. Shugay. Pour l’instant, commenter ces pos.put pour ne pas mettre de fausses infos.
Mikaël: JBeginTrimmed ne donne pas les délétions du J, mais le début du J, comme 167. Mais bon, on pourrait le mettre dans un "J": { "start": 167 } (pas besoin de stop).
Voir https://mixcr.readthedocs.org/en/latest/export.html#default-anchor-point-positions
Pour avoir directement les délétions fin V / début J : https://mixcr.readthedocs.org/en/latest/appendix.html#alignment-and-mutations-encoding ... mais bon, longueurs curieuses. Si déjà on a les JBeginTrimmed / VEndTrimmed ce sera pas mal.
Pas sûr que j'ai bien compris la demande quant au JBeginTrimmed / VEndTrimmed. ces valeurs sont actuellement insérées en utilisant le SequencePartitioning sous le nom 3start / 5end (pour correspondre avec la sortie de Vidjil)
Vu avec Ryan, on s'est bien compris maintenant :)