VidjilInfoWriter, putReads : gestion des locus
.getAllele().getName().substring(0, 3) → plutôt .getGeneGroup().getLocus() ?
Regarde en particulier reference/LociLibrary.java : n’y a-t-il pas déjà quelque part une liste des locus ? Ce serait bien de ne pas avoir ici la liste des locus en dur dans VidjilInfoWriter, mais de faire une map/array s’appuyant sur les locus existants.
Même remarque pour le field "Export clone germline (locus)" dans VidjilExtractFields bestHit.getAllele().getName().substring(0, 3))
Très bonne remarque. J'étais passé à côté de l'enum Locus donc ca donne un meilleur code maintenant :)