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KmerSegmenter++ juste avant le FineSegmenter
Idée de Marc lors de l'audio du 13 novembre, faisant écho à des trucs dont on avait parlé il y a un certain temps.
Faire un KmerSegmenter++ (ou MidSegmenter, ou ...) dont le but est d'identifier le V ou J (ou au moins de restreindre le choix à quelques V/J, ou au moins les V), pour alléger le FineSegmenter.
Ce Segmenter serait lancé juste avant le FineSegmenter sur les représentatives (On n'a pas à alourdir le KmerSegmenter par défaut).
Voir aussi les commentaires de "accélérer le FineSegmenter"
Ah si seulement le AffectAnalyser était templaté pour pouvoir gérer ça simplement.
Oh wait…
Au passage, il est confirmé que -c germlines lance un Kmer avant un Fine, pour ne pas avoir à tester toutes les germlines (vidjil.cpp:1518).
Par contre, pas de Kmer relancé pour l'instant avant le Fine sur les représentatives, mais je pense que le faire serait négligeable en temps.