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Si vous êtes un personnel Inria et que vous souhaitez participer aux tests de notre future plateforme Gitlab basée sur la version ultimate avec gitlab LFS activé merci de contacter Didier Chassignol.

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Created Nov 29, 2016 by Vidjil Team@vidjilteamMaintainer

Recherche de séquence avec des caractères dégénérés

Permettre une recherche approchée par le search, par exemple à 1 ou 2 nucléotides près. Mais peut-être pas par défaut ?


list.js:710, fonction filter

  1. Faire (ou récupérer) une fonction approximateIndexOf(seq, pattern, max_erreurs), ou bien même approximateMatch(...)

  2. Avoir un bouton / préférence pour lancer cela sur les séquences quand on lance filter()


Quelques librairies pour « approximate matching javascript » :

http://glench.github.io/fuzzyset.js/ algo sérieuse, k-mers, vue « index » https://gist.github.com/Yaffle/1336740 programmation dynamique

http://unamatasanatarai.github.io/FuzzyMatch/test/index.html RegExp de jquery ?

https://github.com/javve/list.fuzzysearch.js/blob/master/src/fuzzy.js ?

En utiliser une, ou bien réimplémenter un truc léger pour autoriser 1-2 erreurs ?


pas pour le workshop, mais pour info ça en était où ?


@Cyanael

Edited Apr 16, 2021 by Mathieu Giraud
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