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Opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team@vidjilteamMaintainer

Classes des Ig en RNA-Seq

On ne va pas devenir un outil générique de mapping...

... néanmoins, est-ce que cela ne vaudrait pas le coup de détecter qui pourraient arriver en RNA-Seq ? (voire en capture, cela dépend du protocole)

Par exemple au moins les CD3, CD4, CD8, CD19, CD45RA/CD45RO... ou d'autres...


Et les régions constantes pour détecter la classe d'Ig https://en.wikipedia.org/wiki/Immunoglobulin_class_switching


Sarah, 26 oct. 2015 :

Je voudrais savoir s’il est possible de connaitre la chaine lourde utilisée (IgM ou autre) à partir des analyses faites sur vidjil ?


Dans IMGT/GENE-DB, on a : 1 4 IGHA1 3 11 IGHA2 4 18 IGHE 4 18 IGHG1 6 28 IGHG2 19 130 IGHG3 4 15 IGHG4 1 6 IGHGP 3 18 IGHM

Lecture: IGHM, 3 alleles / C-GENE-UNIT, (IGHM*01, *02, *03), mais au total 18 exons (selon les classes, CH1-4, H1-2, M1-2, entre 35 et 400 nt).


Attention ! IGHD01 et IGHD02 sont des chaînes lourdes constantes IgD, au contraire des gènes habituels IGHD1-1*01 & co.


Class switching : mentionné par Cristina Jiminez lors de son talk ESLHO


ping


Classes : Sarah est extrêmement intéressée. La pseudo-germline IgJC (mail du 30 octobre, et branche ighc, rebasée à l'instant) lui convient parfaitement ("cela évitera de refaire à Rennes 150 PCRs" :-). Bref, mettre la détection des classes avant notre audio du 25 février.


(autres choses que les classes: bougé dans nouvelle tâche)


Config 37, avec /home/vidjil/custom-germlines/germlines-classes.data

  • branche ighc (pas utilisée pour l'instant, juste pour vérifier que tout passe, sauf à la marge -2/-4). Lancé sur une dizaine de fichiers de Sarah, on lui fera coucou lundi.

@nobody @magiraud

To upload designs, you'll need to enable LFS and have an admin enable hashed storage. More information
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Reference: vidjil/vidjil#1687